本方在眼科的臨床運用有三：一是治少陽目赤睛痛;二是用于氣虛胃弱，少陽升發無力，黑睛翳障留連;三是三焦失樞，玄府郁閉，目暗昏矇。
目赤腫痛是眼病的常見癥狀。多為外邪侵襲，經脈不利，氣血壅阻所致。《傷寒論》中即有“少陽中風，兩耳無所聞，目赤，胸中滿而煩者……”，此為邪熱郁于少陽經，膽火上炎，清竅壅滯。用小柴胡湯酌加疏風清熱之藥，和解少陽，清利頭目，調暢氣機，則赤腫迅即清散。
眼科五輪辨證，黑睛屬風輪，內應于肝。黑睛疾患多與肝膽相關。其因于風火上炎、濕熱蘊蒸者固多，但氣虛胃弱，少陽升發無力，致生星翳膜障者，亦不鮮見。更有過用寒涼，伐生生之氣，脾胃受傷，肝膽郁結者，每致目赤睛痛之患，翳凝陷下之憂。邪毒留連，久不平復。治用小柴胡湯加羌活、防風、川芎、白芷調中和胃，益氣舉陷，殊有效驗。
小柴胡湯在內眼疾病的用途亦多。臨床上對于部分急性充血性青光眼、中心性滲出性脈絡膜視網膜病變，視神經乳頭炎等，筆者常用小柴胡湯加枸杞、生地、蒺藜、菟絲子、羌活等藥，運旋樞機，開通玄府，敷布精微，而獲效驗。
驗案：王某，男，28歲，教師。1987年5月8日初診。患者左眼自覺有黑影遮擋，視力減退7天。發病前因工作操勞，精力不支，漸覺眼球疲勞，左眼視物模糊，視直如曲。某醫院眼科診斷為“中心性滲出性脈絡膜視網膜病變”，用西藥治療，收效甚微。患者目昏，心煩，胸悶，納差。舌質淡，苔白微膩，脈弦緩。檢查：視力右眼1.0，左眼0.5。左眼外部正常，屈光間質清晰，視乳頭色澤正常，邊界清楚。黃斑部水腫，有橢圓形反光暈輪，中心凹光反射消失。診斷為“中漿”。中醫辨證為脾胃虛弱，三焦失樞，氣液郁積。當以開通玄府、運利水津為要，予小柴胡湯加減，使“上焦得通，津液得下，胃氣因和。”
藥用：柴胡12克，黨參15克，黃芩、法半夏、蒼術、茯苓各10克，甘草6克。水煎服，4劑。用藥后視力好轉，右眼1.0，右眼0.9。前方加肉桂（研服）、黃芪各10克，繼服5劑。視力右1.2，左1.0，眼底基本正常。予杞菊地黃丸與補中益氣丸，交替服用1月，以鞏固療效。隨防2年，未再復發。
